簡単に言うと、「ゲーム名\img\system」フォルダ内の「Window.png」を、使いたいウィンドウ素材と差し替えればOKです。

画像付きで詳しく説明をします。

①Window.pngの場所を確認する

②名前の変更または削除する

公式の元素材を一応残しておきたい場合は名前を変更してください。
特に必要ない方は削除しても問題ありません。

③使いたい素材を入れる

入りました。

④ファイル名を「window」に変更する

小文字でも使用可能でした。
もちろんWindowでもOKです。

⑤設定完了

これでメッセージウィンドウの見た目が変わっているはずです。
テストプレイで確認してみてください。